تنقسم رسالة الاكاديمية الى ثلاثة محاور رئيسية هى

(1)    نشر المعرفة
(2)    إنتاج  المعرفة
(3)    تطبيق المعرفة

وتتمثل هذه المحاور فى

(1)    تخريج  كوادر هندسية فاعلة ومميزة علميا وعمليا ومتصفة باخلاق المهنة الهندسية.
(2)    دفع عجلة ومسيرة البحث العلمي الهندسي والتكنولوجي وتشجيع الابداع البحثي  ،و توفير البيئة الجامعية المحفزة للابداع الفكري والعلمي والبحث،بغية الوصول للاعتماد الأكاديمي وطنياً وعالمياً.
(3)    جعل ألاكاديمية  أداة لإزدهار المجتمع والإستثمار الأمثل لموارد وإمكانيات الأكاديمية  ،لكى تكون الأكاديمية مرجعا للخدمات والإستشارات الهندسية بالولاية بشكل خاص وبالسودان بشكل عام، نسعى لنكون أفضل كلية هندسة للتعليم والتعلم والتدريب الهندسي  والمهني.